Shanaou Yoshitsune, menceritakan seorang anak bernama Hyota bersama teman-temannya (Kajika, Akana, Daibutsu dan Rien) kelompok penghibur jalanan Nokishita Ichiza. Cerita dimulai pada awal tahun Eiman (1165), Hyota dan teman-temannya diundang ke rumah bangsawan Fujiwara Naganari, disana ia bertemu dengan Ushiwakamaru yang mirip dengannya. Ushiwakamaru adalah tahanan rumah penguasa saat itu, Kiyomori Taira dari klan Heike.
Kehadiran Hyota adalah sebagai pengganti posisi Ushiwaka dan mengeluarkannya dari rumah tersebut, Ushiwakamaru adalah keturunan bangsawan klan Genji yang terakhir. Hyota yang telah berganti posisi dengan Ushiwaka adalah ancaman bagi Kiyomori, lalu ia menjebak Tokiwa (ibunya Ushiwaka) dan memerintahkannya agar dibuang ke kuil gunung.
Meski telah dibuang ke kuil tidak berarti yang mengincar nyawanya berkurang. Beberapa kali utusan Kiyomori yang menyamar berusaha membunuhnya tetapi semuanya gagal, karena Hyota telah mendapatkan bekal beladiri dari Tengu setan pelindung gunung kurama.
Sementara itu Ushiwaka yang asli bersama Nokishita Ichiza, suatu hari mereka diundang ke pesta bangsawan yang ternyata adalah Kiyomori, agar tidak ketahuan Ushiwaka mencat wajahnya. Namun karena sakit mendadak, dalam masa perawatan Kiyomori mulai curiga dan mengutus mata-mata untuk mengikutinya. Setelah Ushiwaka mengenyahkan mata-mata Kiyomori, ia pulang ke rumahnya dan mengurung diri seumur hidup di gudang belakang rumah untuk belajar taktik perang. Lalu ia menuliskan taktik Sun Tzu “Kinzoku Kinnou” (Kalau mau mengalahkan musuh, tangkap dulu pemimpinnya, dapatkan milik musuh yang paling berharga, maka kita bisa menguasainya) untuk dipelajarinya di Kuil Kurama.
Pada suatu hari, Yorimasa Minamoto seorang klan Genji yang bekerja untuk Kiyomori mengunjungi kuil Kurama, melihat kejeniusan Hyota tumbuh harapannya pada masa depan klan Genji.Sementara itu Ushiwaka yang keluar dari gudang, terpergok oleh anak buah Heike dan akhirnya lari ke Kurama untuk memberitahukan Hyota meski dalam keadaan sakit. Ushiwaka yang dikejar oleh anak buah Heike diselamatkan seorang pedagang, Kichiji.
Ushiwaka akhirnya bertemu dengan Hyota dan memohon agar mengalahkan Heike jika ia meninggal dan menggantikan posisinya sebagai Ushiwaka. Dan menjelang akhir hayatnya Ushiwaka meninggalkan ajaran Rikuto kepada Hyota, untuk menjadi seorang pemimpin harus memiliki pribadi dan pengikut yang memiliki Yuu (Keberanian), Chi (Kebijaksanaan), Jin (Kebajikan), Shin (Kepercayaan) dan Chuu (Kesetiaan).
Fujiwara Naganari meminta Kichiji untuk menjemput Hyota dari kuil Kurama untuk diantar ke Oshu Hiraizumi agar bisa dilindungi Hidehira Fujiwara. Hyota yang sedng menyiapkan keberangkatannya ke Oshu mendengar tentang seorang Biksu seram bernama Mushashibo Benkei mengamuk di jembatan Gojo dan teringat akan ciri-ciri sahabatnya, Oniwaka. Hyota mengajaknya ke Oshu sebagai “Orang yang Setia”.
Sementara itu Kiyomori terus merencanakan pengejaran dan penetapan hadiah untuk kepala Ushiwaka bagi para pengikutnya yang berhasil membunuhnya.Mengetahui rencana tersebut Ushiwaka dan Benkei meninggalkan rombongan Kichiji. Ushiwaka melakukan upacara Genpaku (upacara kedewasaan) dan mengganti namanya menjadi Yoshitsune Minamoto. Untuk menghindai pengejaran Kiyomori, Ushiwaka menyusup ke kelompok perampok Yashato pimpinan Mori-san (Isesaburo Yoshimori) yang pada akhirnya menjadi pengikut Ushiwaka sebagai “Orang Pemberani”.Sebelum bertemu Kichiji di gerbang Shirakawa, rombongan Yoshitsune berkunjung ke tempat kakak Ushiwaka bernama Yoritomo Minamoto, yang berpura-pura bodoh. Yoritomo pun memperlihatkan baju zirah dan pedang warisan keluarga Genji serta menyatakan kesiapannya mengalahkan Heike. Yoshitsune pun berangkat ke Oshu untuk menghimpun kekuatan.
Ketika Yoshitsune bertemu Hidehira Fujiwara dan menginginkan membantunya mengalahkan Heike, Hidehira menanggapi dingin.Lebih seru lagi baca komiknya aja ya ………….
